Arrivé à Marseille en 2014 durant l'ère Bielsa, Matheus Doria n'entrait pas dans les plans de l'entraîneur argentin. Le Brésilien n'a jamais eu véritablement sa chance et a enchaîné les prêts saison après saison. Mais lors de l'exercice 2016-2017, le défenseur central a obtenu du temps de jeu sous les ordres de Franck Passi et Rudi Garcia. Malgré une aventure compliquée avec le club olympien, Doria garde tout de même de bons souvenirs, notamment le but de la qualification qu'il avait inscrit face à l'OL en 16èmes de finale de la Coupe de France.
C’était une super ambiance au stade et j’avais fait la célébration de Salt Bae ! Une semaine plus tôt, j’avais déjà marqué contre Lyon. En plus, c’était un super match, une victoire en Coupe contre un rival important. C’est vraiment mon meilleur souvenir, le meilleur moment de mon passage à l’OM !" a-t-il raconté lors d'un entretien accordé à So Foot.